
San Rafael, localizada en el sur-este del Paraguay en los departamentos de Itapúa y Caazapá, representa el bloque contínuo más grande de los remanentes del Bosque Atlántico del Alto Paraná (BAAPA) en el país.
Sus más de 70.000 hectáreas contienen bosques y campos naturales; protegen importantes cuencas hídricas y una de las más altas e importantes áreas de serranías en Paraguay. San Rafael ha sido ampliamente reconocida como de máxima prioridad de conservación en el país, además de ser un elemento clave en la Visión de Biodiversidad del Bosque Atlántico del Alto Paraná, que compartimos con Brasil y Argentina.
En 1997, El área de Reserva para Parque Nacional San Rafael (Decreto Nº 5577), fue declarada como la primera Área Importante para las Aves (IBA por sus siglas en Inglés) del Paraguay. Esta área mantiene poblaciones de 11 especies de aves globalmente amenazadas y otras 17 especies casi amenazadas, adicional a esto es el sitio con mayor numero de especies endémicas del Bosque Atlántico que ningún otro sitio en el Paraguay. San Rafael es uno de los 75 sitios más importante para especies amenazadas y endémicas de aves del Bosque Atlántico.
Esta área contiene también, diversidad de extrema importancia para otras Taxas, tales como mamíferos y reptiles; siendo recienmente registrada una nueva especie de reptil para la ciencia.
El Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF) ha identificado a San Rafael como un "HotSpot" de conservación y una de las áreas más importantes del BAAPA.